Pracovní skupiny (PS) jsou organizační jednotkou MAP III. Schází se 4x ročně, členství v nich je založené na dobrovolnosti.
Cílem PS je aktivně se podílet se na celém procesu společného plánování v území a aktualizaci dokumentace MAP.
V rámci MAP III byly vytvořeny následující pracovní skupiny:
Pracovní skupina pro rozvoj čtenářské gramotnosti
Pracovní skupina pro rozvoj matematické gramotnost